권익위, “부과제척기간 지나도 법인세 환급해야”
농어업경영체등록확인서를 제출하지 않는 등 서류 미비로 법인세를 감면받지 못했던 영농조합법인 2700여곳이 과거 납부한 세금 170억 원을 돌려받는다.
국민권익위원회는 세법상 부과 제척 기간이 지났더라도 영농조합법인의 식량작물재배업소득에 대한 감면을 적용해 법인세를 환급해 주도록 국세청에 의견을 표명했고, 국세청이 이를 받아들였다고 최근 밝혔다. 권익위에 따르면, A영농조합법인은 지난 2016년과 2017년 귀속분 법인세를 신고하며 식량작물재배업 소득에 대해서 법인세 감면을 적용해 과세관청에 신고했다. 과세관청은 ‘조세특례제한법 시행령’ 에 따라 농어업경영체등록확인서를 제출해야만 법인세 감면 대상에 해당한다며, 이 서류를 제출하지 않은 A법인에 대해 감면 세액을 추징했다.
해당 법인은 불복 신청을 하지 않고 법인세를 자진납부했다. 반면, A법인과 같은 내용으로 법인세를 부과받은 B영농조합법인은 이에 불복해 법원에 행정소송을 제기, 지난해 3월 대법원에서 최종 승소했다.
농어업경영체등록확인서 제출이 법인세 감면을 위한 필수적인 요건은 아니라고 결정한 것이다.
국세청은 대법원 판결에 따라 감면을 적용하지 않고 추징한 법인세를 직권으로 취소하고 환급해 줬다. 그러나 세법상 부과제척 기간이 경과한 경우 소송 당사자가 아니면 부과 처분을 취소할 수 없는 상황이었다.
이에 이미 법인세를 납부했던 A법인이 권익위에 고충 민원을 신청, 권익위는 동일한 사례에 대해 전체적으로 실태파악을 했다. 그 결과 법인세를 부과받은 영농조합법인은 전국적으로 2,700여곳, 법인세 총액은 약 170억 원이었다.
권익위는 “세법상 부과 제척 기간이 지났더라도 A법인에게 법인세 감면을 적용해 환급하고 이와 동일한 내용으로 법인세를 부과받은 나머지 2700여 영농조합법인, 약 170억에 대해서도 법인세 감면을 적용해 환급하는 것이 타당하다고 결정했다” 고 밝혔다.
국세청은 국민권익위의 결정을 받아들여 부과제척기간이 경과한 영농조합법인에 대해서도 법인세 부과처분을 취소하기로 했다.